"Самый маленький в помете" - очень обтекаемое понятие. Если помет крупный, то "самый маленький" может оказаться как раз "самым тем".
Маленьким щенок может быть по разным причинам - ест мало (веса не хватает), роста не хватает из-за коротких ног и так далее. Но щенок (месячный) такое дело, что сегодня он "самый маленький", а завтра начал расти да и обогнал некоторых собратьев.
И кстати, последний вовсе не значит, что он обязательно "самый маленький".